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A Gerência de Projetos e Pesquisas é o setor responsável pela concessão de Licenças de Pesquisas para a realização de pesquisas destinadas a fins exclusivamente científicos, nas UCs.

O desenvolvimento de projetos de pesquisa em diferentes unidades de conservação estaduais somente é permitido com a emissão, pelo IEF, da licença de pesquisa científica. Atualmente, cerca de 400 pesquisas científicas estão em andamento nas unidades de conservação estaduais.

A Gerência de Gestão de Áreas Protegidas organiza os cursos de Capacitação de Guarda-Parque e de Administração e Manejo em Unidades de Conservação (AMUC), destinados a capacitação de profissionais que atuam no gerenciamento, planejamento e ligados às diversas atividades operacionais de áreas protegidas.