I - Presidência: exercida pelo Secretário de Estado de Meio Ambiente e Desenvolvimento Sustentável.
II - Plenário: instância superior de deliberação do Conselho, constituído por todos os seus membros.
III - Câmaras Técnicas: são deliberativas, competindo-lhes analisar e compatibilizar planos, projetos, atividades técnicas e relatorias de recursos administrativos.
IV - Secretaria: dá suporte administrativo à Presidência, ao Plenário e às Câmaras, sob a coordenação do NCO - Núcleo de Coordenação Operacional do IEF.
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